「死ぬ」の語源は諸説あって判然としないが、7世紀後半から8世紀後半ころにかけて成立した万葉集には「死ぬ」という意味で「去ぬ」が使われている。※万葉集・一八〇九「うち嘆き妹がいぬれば」
そして、ナ行変格活用をするのは「死ぬ」と「去ぬ(往ぬ)」の二語のみであることを考え併せると、「死」という漢字が日本に渡来して、その意味が事象にしっくり当てはまることや発音もしやすいため、和語である「去ぬ」の“去”が“死”に置き換わったのではないかと私は想像する。
したがって、音読みも訓読みも「死」は「シ」なのではないのだろうか。
★なるほど〜。「置き換わった説」ですね。しっくりきます。