質問の中に答えの半分くらいが入っています。
窪みに違うものが堆積して、窪み自体が残ります。堆積しなければ、風や雨で消えてしまいます。
堆積したものと窪み側の材質の違いで、埋まっていたものが表面に出てきたときにどちらかが削れて発見されたりします。
窪みに何かが堆積して表面が平らになっている場合でも、表面を平らに削っていくと窪んで別の物で埋まっている部分だけが模様のようになります。
同様に、化石だけでなく、昔の建物の発掘調査でも地面の表面を削ると柱跡などが模様となって出てきます。
★すみません。チェックが甘くて、失敗しました。
実は、以前に、No.649 に大変よく似た疑問を扱っておりました。
そちらのURLを載せておきますので、参考にしてください。
教えてくださった方々、ありがとうございました。
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No.649